歐盟商標(biāo)注冊(cè)體系對(duì)其成員國(guó)商標(biāo)注冊(cè)體系沒(méi)有任何影響（包括比、荷、盧商標(biāo)體系）。企業(yè)可以自由選擇申請(qǐng)單獨(dú)成員國(guó)商標(biāo)注冊(cè)或歐盟商標(biāo)注冊(cè)，也可以二者都申請(qǐng)。大批現(xiàn)有的、已在成員國(guó)獲得注冊(cè)的商標(biāo)仍然有效。是完全依賴歐盟商標(biāo)的保護(hù)，還是同時(shí)獲得成員國(guó)商標(biāo)和歐盟商標(biāo)的雙重保護(hù)，則完全取決于商標(biāo)申請(qǐng)人和所有人的戰(zhàn)略需要。
但是，如果成員國(guó)的商標(biāo)注冊(cè)先于歐盟商標(biāo)的注冊(cè)，那么成員國(guó)商標(biāo)享有在先權(quán)，反之亦然。成員國(guó)的工業(yè)產(chǎn)權(quán)局不會(huì)主動(dòng)審查該在先權(quán)。只有在先權(quán)擁有人可以提出請(qǐng)求，即通過(guò)在歐盟商標(biāo)公告之日起3個(gè)月內(nèi)提交異議，或根據(jù)有關(guān)規(guī)定在歐盟商標(biāo)注冊(cè)后申請(qǐng)其無(wú)效。